Vers la fin des années trente, l'armée japonaise se trouva très impliquée dans la guerre. La plupart des jeunes élèves de Morihei Ueshiba furent enrôlés dans l'armée. Cette conscription clairsemat les rangs du dojo Kobukan, ce qui impliqua une réduction de l'activité dans le dojo au moment ou la guerre du pacifique commença.

En 1942, après être tombé malade à la suite d'une grave affection intestinale, Maître Ueshiba décida d'établir un nouvelle base de l'organisation de l'aïkido dans la préfecture d'Ibaragi, dans le village d'Iwama, où il avait acheté des terres quelques années auparavant. Il laissa alors la charge du dojo de Wakamatsu-cho à son fils Kisshomaru Ueshiba. A Iwama, Morihei commença la construction de ce qu'il nomma le Ubuya (lieu de naissance), le cercle sacré de l'Aïkido:

Un ensemble comprenant l'autel de l'aïki et un dojo extérieur. Cet ensemble fut complété en 1964 par un ensemble de très belles sculptures. Quarante-trois divinités gardiennes de l'aïkido. Le dojo, connu maintenant, comme le dojo Ibaragi, fut achevé en 1945 juste avant la fin de la guerre. Là , loin de l'agitation qui régnait à Tokyo en raison de la guerre, il s'investit dans l'agriculture, l'entraînement et la méditation. Ces années passées à Iwama s'avérèrent décisives pour le développement de l'aïkido moderne. Morihei, avec toute la concentration possible s'investit dans un entraînement intensif afin de pouvoir perfectionner son art martial dédié à la résolution pacifique des conflits.

C'est à cette époque que le fondateur approfondit l'étude du sabre appelé en aïkido Aïki Ken et du bâton: Aïki Jo. Il considérait qu'il était fondamental de connaître le maniement de ces armes pour exécuter correctement les techniques à mains nues. Il élabora alors un programme d'aïkido complet comprenant la pratique des armes et la pratique à mains nues.  Pendant cette partie de sa vie passée à Iwama, Maître Ueshiba définit le concept de Takemusu Aïki, qui correspond à l'exécution spontanée d'une infinité de techniques adaptées à une attaque quel qu'elle soit. Au cours des années cinquante maître Ueshiba voyagea beaucoup à travers le Japon pour répondre aux innombrables sollicitations qu'on lui adressait. Il passait aussi quelques jours par mois à Tokyo pour revenir ensuite à Iwama. Il était, à cette époque, très difficile de prévoir, d'un jour à l'autre, où se trouvait Maître Ueshiba et même de savoir quand ils s'arrêterait pour diriger un cours à l'Aïkikaï de Tokyo. Beaucoup d'élèves, qui commencèrent l'entraînement après la guerre et eurent l'occasion de voir le fondateur enseigner ou faire des démonstrations, furent enthousiasmés par l'énergie et la beauté de ses mouvements, tout comme par son éthique des arts martiaux. A cette époque sa technique s'écoulait comme un fleuve de son esprit, sans limite, fondamentalement différente de la pratique extrêmement âpre qui mettait en évidence la force physique qui caractérisait ses jeunes années.

Lors des dernières années de sa vie, lorsque sa santé commença à se dégrader, maître Ueshiba se déplaça moins rapidement et moins librement, il adopta alors ses techniques en les raccourcissant. Il projetait ses élèves d'un geste rapide ou d'un petit mouvement de main et parfois sans les toucher. Cette partie de sa vie coïncide avec les débuts du développement international de l'aïkido, par des démonstrations publiques et par la diffusion de films qui sont à l'origine de nombreux imitateurs qui n'avaient pas compris, que cet aïkido, était une suite naturelle de ses expériences passées et le résultat de plus de soixante ans de pratique et non un commencement.

Morihei Ueshiba décéda d'un cancer du foie, le 26 avril 1969. Il reçoit le même jour une dernière distinction à titre posthume de l'Empereur Hiro Hito. Ses cendres reposent dans le temple de la famille Ueshiba à Tanabe et les mèches de ses cheveux furent conservées comme reliques sur l'autel de l'aïki à Iwama, au cimetière familial de Ayabe et au grand autel Kumeno. Son fils Kisshomaru, lui succéda comme second Doshu de l'Aïkido. Son petit-fils Moriteru est aujourd'hui, à son tour, le troisième Doshu.

Histoire de l'Aïkika de Tokyo